1966 yılında Türkiye’ye döndü. 01.10.1967-05.05.1969 tarihleri arasında Uşak Müftüsü olarak görev yapan Yunus KAYA,20.05.1969-02.09.1971 tarihleri arasında Çanakkale ve 20.09.1971-25.02.1975 tarihlerinde de Erzurum Müftülüğü görevlerinde bulunmuş olup, 1975 yılından beri Atatürk Üniversitesi İlahiyat Fakültesi’nde Kelam ve Tasavvuf derslerini okutman olarak atanmış, bu görevinden emekliye ayrılarak bekar olarak hayatını sürdürmektedir. Basılmaya hazır teksir halinde şu eserleri bulunmaktadır: “Nefsi arıtma ve donatma”, “El insan fi mebde-i ve meadihi”, “Allahü Tealanın varlığı ve birliğini isbat ve itikadi ana mezhepler ve ihtilaf ettikleri ana konular”